OS Xでは、LionからiOSライクな画面スクロール方法(スクロールバーではなく画面を直接操作するイメージのスクロール)が実装されています。
つまり標準ではWindowsとスクロール方向がまったく逆になってしまいます。
Mac側に慣れてしまっていることもあり、Windowsもスクロールを逆にするため、WindowsXPではZWheelというフリーウェアを使用していましたが、どうやらWindows7には正式対応しておらず、動作も微妙とのこと。
そこで他のツールを探していましたが、こちらのポストを参考にAutoHotKeyを使用することに。今のところ特に不都合なく使えています。